染色
只要細菌在，我們就有機會用染劑幫它上色，然後在顯微鏡下看見它。 不染色的細胞在顯微鏡的強光下是透明看不見的。這樣講其實不完全對，如果你用相位差顯微鏡頭來觀察，或者這細菌會游來游去，你的確可以在一般光學顯微鏡下看到它們。放大倍率要高一點就是了。
那如果真想幫它們染色，該用什麼染劑才好？微生物學教過 Gram’s stain 是用來染細菌的，用來觀察環境(例如土壤裡)的微生物應該可以吧？答案是，效果不好，因為不管生物非生物都會染上色，結果只好在那裡猜這個紫色的點是土粒還是細菌還是碎屑。我們需要一個只會染上生物成份的染劑。
DNA 染色法
生物才有的東西不少，DNA 脂肪蛋白質都可用。先來看 DNA 的染劑，有什麼染劑可以染上 DNA 呢？很快你就想到電泳時拿來染 DNA 的 ethidium bromide。沒錯，它可以用。平常用得多的 DNA dye 包括 acridine orange 和 DAPI。Hoechst 33342 也是一種選擇。SYBR green 系列的染劑也可以。使用前應該要測試一下會不會染到其它雜七雜八雜八的東西。
- Wikipedia 上對 acridine orange 的說明。
- Wikipedia 上對 DAPI 的說明。
- Wikipedia 上對 Hoechst dyes 的說明。
- Wikipedia 上對 SYBR green 的說明。